MRSA - Impactos rápidos de secuenciación de todo el genoma en el control de infecciones

Los investigadores han descubierto que la secuenciación del genoma completo puede afectar el control de la infección y el manejo del paciente debido a los datos clínicos relevantes que proporciona sobre la transmisión bacteriana. En colaboración con investigadores de Illumina, científicos del Wellcome Trust Sanger Institute de la Universidad de Cambridge han utilizado la secuenciación del genoma completo para establecer qué aislados de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM) formaban parte de un brote hospitalario, ya que las técnicas de laboratorio actuales no pueden distinguir entre MRSA aislamientos
El nuevo estudio, publicado en New England Journal of Medicine, ha demostrado que la secuenciación del genoma completo no solo puede proporcionar rápidamente datos precisos, sino que también distingue claramente entre los aislados de SARM.
La infección por MRSA es un problema de salud pública líder. Las estimaciones de EE. UU. En 2008 muestran que se atribuyeron 15,249 muertes a 89,785 infecciones invasivas por SARM. En promedio, los pacientes con infecciones por MRSA pasan el doble de tiempo en el hospital en comparación con otros pacientes que ingresaron por las mismas razones. Las estancias hospitalarias más largas, más los tratamientos para tratar este tipo de infecciones elevan el costo de la atención médica.

Para controlar mejor las infecciones asociadas a la asistencia sanitaria, es crucial identificar de forma rápida y precisa la transmisión bacteriana.
La principal investigadora, la profesora Sharon Peacock, de la Universidad de Cambridge explica:

"Una limitación importante de la metodología actual de control de infecciones es que los métodos de tipado bacteriano disponibles no pueden distinguir entre diferentes cepas de SARM. El propósito de nuestro estudio fue ver si la secuenciación del genoma completo de SARM podía usarse para distinguir entre cepas relacionadas a nivel del genoma. , y si esto informaría y guiaría las investigaciones de brotes ".

Los investigadores basaron su estudio en un brote de SARM en una unidad de cuidados intensivos neonatales que ya había finalizado, obteniendo muestras y secuenciando en tiempo real. Descubrieron que la secuenciación completa del genoma les permitía distinguir entre las cepas que formaban parte del brote y las que no. Esto demostró que el brote podría haberse identificado más rápidamente en comparación con las pruebas clínicas actuales y, por lo tanto, podría reducir el tamaño del brote.

El co-investigador principal, el Dr. Geoffrey Smith, Director Senior de Investigación en Illumina declaró:

"Este estudio demuestra cómo los avances en la secuenciación del genoma completo pueden proporcionar información esencial para ayudar a combatir los brotes hospitalarios en tiempos de respuesta clínicamente relevantes. Como la secuenciación se ha vuelto cada vez más precisa y completa, puede utilizarse para responder una amplia gama de preguntas. distinguir diferentes cepas de MRSA en el hospital, también pudimos caracterizar rápidamente la resistencia a los antibióticos y los genes de toxinas presentes en los aislados clínicos ".

Posteriormente, el equipo desarrolló una lista de todos los genes MRSA que causan resistencia a los antibióticos para permitir una identificación rápida de la resistencia a los medicamentos en las cepas MRSA, lo que ayudará a los profesionales sanitarios a tratar a cada paciente infectado con la terapia más adecuada posible. Además, proporciona una herramienta poderosa para descubrir nuevos mecanismos de resistencia a los medicamentos.
MRSA genera varias toxinas únicas que pueden conducir a síndromes clínicos graves, como shock séptico, neumonía e infecciones complicadas de piel y tejidos blandos. Los investigadores desarrollaron una lista de genes de toxinas para identificar rápidamente estos genes que ocurren en las cepas de MRSA. En la actualidad, estas toxinas solo pueden identificarse con múltiples ensayos en laboratorios de referencia.
El autor principal, el Dr. Julian Parkhill, del Wellcome Trust Sanger Institute, comentó:

"La distinción entre cepas es importante para el control del control de infecciones. La acción rápida es esencial para controlar un brote sospechado, pero es de igual importancia identificar cepas no relacionadas para evitar cierres innecesarios del pabellón y otras medidas de control disruptivas. identificando un brote y luego procesando los datos. Los métodos clínicos actuales para establecer vínculos entre las cepas relacionadas comparan el patrón de susceptibilidad bacteriana a un perfil de antibióticos. Encontramos que este método es inexacto. Identificamos dos cepas de SARM, que parecían ser idénticas usando los métodos actuales, fueron genéticamente muy diferentes ".

En última instancia, el uso de la secuenciación completa del genoma se convertirá en parte de la atención médica de rutina, y estos hallazgos han contribuido a respaldar la secuenciación del genoma completo para controlar el SARM y otros brotes en los entornos hospitalarios.
El profesor Peacock concluyó: "La próxima etapa es desarrollar herramientas interactivas que proporcionen una interpretación automatizada de la secuencia del genoma y proporcionen información clínicamente significativa a los trabajadores de la salud, un avance necesario antes de que pueda implementarse en la práctica clínica".
Escrito por Petra Rattue