Diagnosticando Mutaciones Genéticas - Herramienta Virtual, Pyromaker, muestra promesa

El diagnóstico del cáncer y la selección del tratamiento más apropiado pueden facilitarse mediante la identificación de mutaciones genéticas a través de la secuenciación del ADN. Presentar métodos de prueba para muestras de ADN, secuenciación de Sanger y pirosecuenciación a veces puede producir resultados complejos que pueden ser difíciles o imposibles de interpretar, sin embargo, científicos de la Facultad de Medicina de la Universidad Johns Hopkins han desarrollado un programa de software gratuito llamado Pyromaker, que puede ayudar con precisión identificando tales mutaciones genéticas complejas.
Pyromaker, una aplicación basada en web, produce pirogramas simulados basados ??en la entrada del usuario. Los pirogramas muestran varias funciones, que incluyen el porcentaje de células tumorales y normales, la secuencia de tipo salvaje, el orden de dispensación y cualquier cantidad de secuencias mutantes. El programa calcula los porcentajes de alelos relativos mutantes y de tipo salvaje a partir de los cuales genera la señal esperada en cada punto de la secuencia de dispensación. El resultado es una traza virtual del pirograma esperado.
Pyromaker fue validado contra pyrograms reales que contienen mutaciones comunes en el gen KRAS que cumple una función importante en la patogénesis de varios tumores diferentes. En comparación con los programas reales, los pirogramas virtuales fueron cuantitativamente idénticos para todas las mutaciones probadas.
Los investigadores luego demostraron que todos los codones 12 y 13 mutaciones únicas y complejas producen programas únicos. Sin embargo, algunas mutaciones complejas fueron difíciles de distinguir de las mutaciones de bases únicas, lo que sugiere que las mutaciones complejas pueden estar subreportadas. Los investigadores trabajaron con dos pirogramas complejos que eran difíciles de interpretar al principio. Para resolver esto, idearon cinco estrategias consistentes en la recreación de la mutación iterativa de Pyromaker, la secuenciación de Sanger sola, la prueba de hipótesis con Pyromaker, el análisis de la curva de fusión y la clonación de TA con la secuenciación de Sanger.
James R. Eshleman, MD, PhD, Profesor de Patología y Oncología, Director Asociado, Laboratorio de Diagnóstico Molecular, Facultad de Medicina de la Universidad Johns Hopkins, quien es el autor principal del estudio, explica: "Las pruebas de hipótesis dirigidas por el usuario permiten la generación virtual rastros que se pueden comparar con los datos reales para aclarar los resultados ambiguos de la pirosecuenciación y el método de Sanger. Alternativamente, Pyromaker puede probar de manera rápida y eficiente las posibilidades que pueden explicar un resultado complejo de polisecuenciación ". Ambos métodos identificaron con éxito las mutaciones complejas.
Aunque la clonación y secuenciación de TA también ofrecen una interpretación inequívoca, el enfoque tiene varios inconvenientes ya que requiere mucho trabajo y puede retrasar la notificación, existe un riesgo de contaminación del laboratorio por plásmidos y tampoco se usa con frecuencia en la mayoría de los laboratorios de diagnóstico clínico.
El Dr. Eshleman concluye:

"Aunque la secuenciación de Pirosecuenciación y Sanger son herramientas poderosas para resolver la mayoría de las mutaciones, para ciertos casos complejos, ninguno de ellos es suficiente para proporcionar una interpretación definitiva. Métodos adicionales, como el análisis de Pyromaker o la clonación y secuenciación de TA, permiten diagnosticar definitivamente el alelo variante. Pyromaker está disponible en línea y se puede acceder desde cualquier computadora con acceso a Internet. El análisis iterativo de Pyromaker es el método menos costoso y más rápido para resolver estos casos ".

Pyromaker se ha puesto a disposición de forma gratuita aquí.
Escrito por Petra Rattue